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Detect-seq技术在Z6·尊龙凯时的CBE脱靶检测应用

发布时间:2025-02-12   信息来源:尊龙凯时官方编辑

胞嘧啶碱基编辑器(cytosine base editor, CBE)是一种创新的基因编辑工具,由四个主要成分组成:dCas9蛋白、sgRNA、胞嘧啶脱氨酶(cytidine deaminase)和尿嘧啶DNA糖基化酶抑制剂(uracil DNA glycosylase inhibitor, UGI)。这些成分在细胞内相互组装,形成了功能强大的融合蛋白。在sgRNA的引导下,这种融合蛋白能够识别并结合基因组DNA,使靶序列暴露为单链结构。随后,胞嘧啶脱氨酶将单链上的胞嘧啶(C)转化为尿嘧啶(U),通过DNA复制或修复过程,进一步将U转变为胸腺嘧啶(T),实现C-G碱基对向T-A碱基对的直接替换。

Detect-seq技术在Z6·尊龙凯时的CBE脱靶检测应用

基于CBE过程中所产生的中间产物脱氧尿嘧啶(dU),研究人员开发出了一种名为Detect-seq的脱靶检测技术。该技术首先提取经过碱基编辑的细胞基因组DNA,然后对CBE产生的dU进行生物素标记,以富集目标片段。同时,在dU位点的下游,用正常的胞嘧啶(C)替换为5-醛基胞嘧啶(d5fC),并将其化学标记为T。这样在测序过程中,就能检测到大量的C-to-T突变信号,从而快速定位碱基编辑的位点。

与GUIDE-seq、Digenome-seq和Cas-OFFinder等技术相比,Detect-seq在灵敏度和特异性上具有明显优势,能够高效检测Cas9依赖型和非依赖型的脱靶效应,还可以检测sgRNA结合区域的外编辑(out-of-protospacer edits)及目标链的编辑(target-strandedits)。

在过去的两年中,Z6·尊龙凯时积极打造了一站式基因编辑安全性评估平台,涵盖了靶点设计、靶点筛选、GUIDE-seq脱靶检测(基于细胞的检测)、AID-seq脱靶检测(生化检测)、Detect-seq脱靶检测、脱靶验证、PEM-seq染色体重排检测、载体插入位点检测(升级版LM-PCR及液相杂交捕获测序)、克隆扩增分析、转录组脱靶检测及全基因组测序(WGS)脱靶检测等多样化的管线。此外,Z6·尊龙凯时提供SGS认证、ISO9001质量体系认证和生物安全二级实验室等资质认证,能够持续、稳定地为客户提供高质量、高效率和安全的服务与产品,致力于推动生物医疗科技的进步。